안세회계법인

임차인이 부담한 개보수비용에 관한 회계.세무사항에 문의사항이 있어 질의 드립니다.

(상황)
A : 임대인
B : 임차인
A와B는 특수관계자에 해당
임대차기간 : 64개월
임대차계약조건 : B 사용면적의 건물 개보수비용을 B가 직접 부담하는 대신 월 임차료를 경감(건물 개보수비용이 약 64백만원 소요될 것으로 예상됨)
B 임차면적의 월 임차료 시가 상당액 : 2,800,000
임대차 계약서상 월 임차료 : 월 1,800,000
월 임차료 계산식 : 월 임차료 시가 - (임차인 개보수비용 / 임대차기간) = 2,800,000 - (64,000,000/64) = 1,800,000

(질의사항)
1. 월 임차료를 위와 같이 산출하였을 경우의 정당성 유무?
2. 당사의 예규.판례 검토결과 건물개보수 완료시 B는 건물 개보수비용에 대해서 A에게 재화를 공급한 것이 되므로, 건물 개보수 소요금액애 대해 B => A 세금계산서 교부해야 할 것이며 A는 동 금액을 자본적지출로 B는 선급임차료로 보아야 할 것으로 판단됨.(관련예규:서일-1078,2005.9.12)
이와 달리, 개보수 시설은 B의 필요에 의해 지출된 것이며, A에게는 필요치 않은 시설로 계약종료 후 원상복구 의무를 규정하고 있으므로 A는 이를 자본적지출로 보지 않고(개보수 소요금액에 대해 A<=>B 세금계산서 수수 없음)
다만, B가 A의 건물을 임차하여 사용하기 위해 부담한 임대시설 개보수비용을 인정하여 월 임차료를 시가보다 저렴하게 제공하는 것으로 하고 매월 경감된 금액으로 세금계산서를 발행하여 처리할 경우 가능한지?
가능하지 않다면 이에 대한 불이익은 어떤 것이 있는지?
3. 개보수비용에 대해 B=>A에게 세금계산서를 교부할 경우, B의 입장에서는 건물의 자본적지출이 이루어짐과 동시에 임대료를 먼저 받은 것이 되므로, 동시에 임대료에 대한 건으로 세금계산서를 A=>B에게 교부해주어야 하는 것인지?
A=>B 임대료 선수분에 대한 세금계산서를 교부해주는 것이 옳을 경우 부가세법시행령 제54조 ②을 적용하여 공급시기 도래 전 대가를 먼저 지급받은 것으로 보고 B가 부담한 개보수비용 전체에 대해 1건의 세금계산서로 교부해 줄 수 있는지?

이상의 사항에 대해 질의 드립니다.