안세회계법인

안녕하세요, 비영리 사단법인 재직중인 회계직원입니다.

회계기준에 따라(법인세법 113조 구분경리) 고유목적사업과 수익사업을 나누어 장부를 작성중이고,
수익사업의 대부분은 면세(도서공급)사업 이였습니다. (사업①)

올해 초 과세사업 업종(숙박및 카페음식점업)을 개시함으로써(사업②),
회사코드를 추가 생성하여 수익사업을 두가지로 분류하여 기장하였습니다. (더존프로그램 사용)

부가가치세법상 매입세액공제는 실지 귀속에 따라 새로운 사업(사업②) 관련 비용만을 공제받았습니다.

하지만, (사업②) 비용의 일부를 (사업①)에서 처리하게 된다면
수익비용 대응의 대원칙이 깨지는 것인지 궁금합니다.

또한, 이렇게 처리한 비용을 수익사업 내에서 움직이는 것으로 보아
기존대로 부가세 매입세액공제를 받아도 문제없을지
아니면 공통매입세액으로 보아 안분계산을 해야하는지가 알고싶습니다.