안세회계법인

안녕하십니까,
당사는 법인이고 현재 시설(기계장치)투자 진행 중 계획이 변경되어 타 계열사에서 진행될 예정입니다.
기존 A라는 회사와 시설계약 후 계약금 세금계산서가 3월발행되어 지급완료 되었고,
중도금부터 타 계열사에서 변경계약을 이어갈 예정입니다.

질의1) 기존 발행되었던 세금계산서는 '계약의 해지'사유로 계약변경(해지)일에 마이너스 세금계산서 발행하면 문제소지가 있나요?
(계약금이 지급된 상태에서 계약의 해지로 수정세금계산서 발급이 가능한지도 추가 질의 드립니다.)

질의2) 변경계약서 작성 후 취소된 계약금 반환은 타 계열사에서 당사로 직접 반환해줄 계획입니다.
변경계약서 상에 반환의무를 기재, 작성하면 기존 A라는 회사에서 당사로 반환하지 않고 타계열사에서 바로 당사로 입금했을때 문제소지가 있나요?
(계약거래한 A라는 회사는 개인사업자인데 변경계약서를 작성하더라도 계약금을 당사로 직접 반환해야 세무상 문제가 없다는 의견입니다.)

감사합니다.