안세회계법인

과기부가 주도하는사업으로서 "한국산업기술진흥협회"가전담하여 기술애로 지원사업비를 주관기관(우리 연구원 같은 정부출연연구원)에게 건당 500만원씩지급해주고, 주관기관(우리 연구원)은 신청기업에게 기술자문을 해주라는 형식의 사업이 시작되고 있습니다.

즉, 우리연구원이 A기업에게 애로기술을 지원(기술자문)하여 도움을 주면, 정부(과기부의 역할을 산업기술진흥협회가 대행)가 정부출연금 사업비를 우리 연구원에 지급하겠다는 것입니다.

우리 연구원은 A기업에게 용역을 수행(기술자문 지원)해주고, 그 대가는 A기업으로부터 받는게
아니라 정부(과기부, 협회가 사업비지급 대행)로 부터 받게 되는 구조입니다.

이때 세무상 아무런 문제가 발생하지 않는지요?

(1) 우리연구원은 부가세법상 매출세금계산서를 A기업으로 발행해줄 필요가 없다는 입장

본 사업은 일반 연구용역사업과 같이 세금계산서 발행이 필요한 정부사업이 아니다.
사업비 500만원은 산업기술협회가 주관기관(연구기관)에게 지급하는 금액이며, 주관기관과
수혜기업(신청기업)간 거래되는 금액은 없으므로 500만원에 대한 부가세 책정은 하지 않는
것이 맞다.

(2) 우리연구원이 신청기업(수혜기업) A기업을 상대로 매출세금계산서를 발행하고 부가세도
징수하여 납부해야한다는 입장

우리연구원이 기업체에게 기술자문을 해주고 대가를 받는것은(직접 받던, 제3자에게서 받던무관) 부가가치세법상으로 부가세 과세에해당되지, 면세에는 해당되지 않는다.
부가세는 각거래단계별로 부과가 되는데, 본 사업은 원래 돈의 흐름이 "국가(협회가 대행) -> 기업체 -> 에너지연구원" 이렇게 흘러가야하는 것을 "국가(협회) -> 에너지연구원"에 직접 교부하는 방식으로 생략한 것에 해당된다.
즉, 국가(협회)에서 기업체로 갈 때는 부가세가 붙지않지만, 기업체에서 에너지연구원으로 올 때는 부가세가 붙게 된니다. 따라서 다음과 같은 세무 및 회계처리가 필요하다.

< 애로기술지원 사업 지원금에 대한 회계 및 세무처리예시>

(1) 에너지연구원
* 협회로부터 지원금 500만원 입금 시 분개 및세무처리(A기업의 애로기술 지원금)
보통예금 5,000,000 / 기술자문수입 5,000,000
미수금 500,000 / 부가세예수금 500,000 (A기업에게 5,500,000원의 매출세금계산
서를 발행해 줌)

(2) 산업기술진흥협회
애로기술사업비 5,000,000 / 당좌(보통)예금 5,000,000
에너지연구원으로부터사업 규정에서 정하는 청구서류만 받아서 지급함
(세금계산서 수취불필요)

(3) A 기업체
* 협회로부터 지원금 500만원이 에너지연구원으로 입금된 이후 부가세 50만원을 에너지연
구원으로 지출 시
기술자문비 5,000,000 / 자산수증이익(영업외수익) 5,000,000
부가세대급금 500,000 / 보통예금 500,000 -> 분기별 부가세 신고 시국가(국세청)로
부터 돌려받거나 공제받게됨

어떻게 처리하는 것이 맞는지요? 우리 연구기관에는 본 사업과 관련하여 아무런 부가세 징수의무가 없는것지요?

* 붙임 : 과기부 사업공고문