안세회계법인

다시 질문 드립니다.
2018년도 거래처(외주가공업체: 당사 매입업체) 와 거래 내역입니다.

1)2018.11월 선급금\1,000 (세금계산서 발생 안함)>> 당사 지급.
2)2018년.12월 거래처(외주가공업체)>> 세금계산서 (외주가공비)발행
실제 세금계산서 발행할 외주가공비 \5,000(부가세별도) 인데,
의미적으로 상계처리하여 \4,000(부가세 별도) 만 세금계산서 발행함.
3)선급금\1,000 포함하여 세금계산서\5,000(부가세별도) 발행하고 결재금액에서 기 지급된 선급금\1,000 제외한 \4,000 결제송금 해야 되는 정상인데, 상기2)처럼 세금계산서 발생하여 문제가 발생함.
4)해서 거래처는 선수금\1,000만큼 매출 누락, 당사는\1,000 만큼 매입누락 발생.
5)거래처에서 상기 상계처리 분\1,000 (부가세별도) 세금계산서 발행(2019년3월)한다고 합니다.
6)이에 당사는 2018년귀속 매입분(거래처 :매출분) 세금계산서 수취하여도 문제없지요?와 가산세 발생 문제? 입니다.