안세회계법인

안녕하십니까
당사는 자동차 부품업체이며 협력사에 제품의 구성품을 제작하여 납품하도록 하고 있습니다.
협력업체에 일부 기계 임대, 부속 지그 당사 명의로 제작하여 임대하여 주는 방식으로 거래가 진행 되고 있습니다.

<업무 진행상황>
협력업체 경영상의 문제로, 소소한 지그의 제작비용+납품 박스 비용의 가격을 개발비 명목으로 지급하려고 하고 있습니다. (2016~현재까지 발생 분)
일반 납품 계약서에(거래 시작시 작성)는 해당 정산 건에 대한 내역이 명시되어 있지 않으며 타 협력업체에는 같은 명목으로 처리한 적이 없습니다.

<질의>
1. 특관자 관계가 아니더라도 타 협력업체와 다른 특혜를 주는 것이 세법 상 문제의 소지가 있는지?

2. 만약 처리를 해 준다고 했을 때 협력업체가 구입한 시점과 당사에서 정산해 주려고 하는 시점의 차이가 있음, 부가세법상 공급시기와 다른 세금계산서로 인지될 가능성이 있는지?

3. 무조건 처리해 줘야 하는 경우 어떤 방식으로 어떤 증빙을 갖추어야 하는지?

에 대한 답변 요청드립니다.