안세회계법인

회사에서 임대료를 받고 있으며 세금계산서를 발행하고 있었습니다.
임대료를 제외한 관리비 수입이 있었는데 이 관리비에 대해서는 원래 세금계산서 발행을
하였으나 2013년도부터 임대인 사정으로 인하여 세금계산서를 발행하지 않고
추후 계약기간이 끝난 후에 임대보증금에서 차감하는 형식으로 정리하는것으로
구두약속을 하였고 현재까지 이어져 왔으며 임대인의 자금사정이 어려워 임대료가
제때 들어오지 않아 미수 임대료도 발생한 상황인데 지난 7월 15일 임대계약이
완료 되었고 세금계산서를 발행한 임대료 부분과 세금계산서를 발행하지 않은
관리비부분에 대해서는 정산을 하려 하는데 임대인과 합의하에 임대료 및 관리비를
감해주는 선에서 임대차 계약을 완료하기로 하였습니다.
문제는 세금계산서를 발행한 임대료부분은 문제가 발생하지 않겠지만
세금계산서 발행하지 않은 관리비 부분은 임대료에서 바로 차감해도 세무상
어떤 문제가 있을지 궁금합니다.

요약
예)
임대료 천만원(세금계산서 발행)*3개월 = 33,000,000원 미수(VAT합계)
관리비 백만원(세금계산서 미발행)*3개월 = 3,300,000원 미수(VAT합계)
미수임대료 합계 = 36,300,000원 미수
임대보증금 1억 - 33,000,000 - 3,300,000 = 63,700,000(임대보증금 잔액)
1억중 65,000,000을 돌려주기로 합의.