답변
1. 개인에게 귀속되는 소득은 자금의 출처가 중요하지 않으므로, 국가에서 지원받은 금액이라 하더라도 세무상 해당 연구원의 소득에 해당되면 원천징수하고 지급하는 것입니다.
2. 상환의무 있는 보조금의 경우 상환될 금액을 장기미지급금 등으로 설정하는 것이나, 상환의무 있는 금액은 아예 사용하지 않고 나머지 금액만 경비 등으로 사용하는 것이 회계처리에 있어 용이하게 됩니다. 다만, 상환의무 있는 금액까지 일단 사용하는 경우라면 귀사의 경우처럼 지출시마다 장기미지급금으로 구분하여야 하는데, 인건비의 경우 전체금액에 대해 원천징수를 하게 되는데 추후 상환하게 될 때 인건비도 감액되게 되므로 원천징수 수정신고 등의 문제가 발생되게 됩니다. 귀사가 알아서 판단하여 처리하여야 합니다.