안세회계법인 마이 30분 Q&A

연말정산시 부당하게 소득세 공제를 받은 것으로 판명된 직원에 대한 원천징수 수정신고 여부 관련 바슈롬코리아 | 2015-04-28

안녕하세요

재직 중인 직원이 기부금허위영수증발급업체로부터 받은 영수증으로 기부금공제를 받은 것으로 적발되어 이에 대해 수정신고를 하라는 통지를 세무서로부터 받았습니다. 이에 대한 처리 방법에 대한 질문입니다.

1. 원천징수이행상황신고에 대한 수정신고

2. 해당 직원에게 소득세 수정신고하게 한 후 확인서 수취

둘 중에서 어떤 방법으로 해야 좋은지 답변 부탁 드립니다.
답변
근로자가 연말정산시 과다공제 또는 부당공제분이 있을 경우에는 당초 근로소득연말정산을 실시하고 원천징수이행의무를 이행한 원천징수의무자가 당초 신고한 내용에 대하여 수정제출하고 납부하거나 근로자 본인이 수정신고에 따라 주소지 관할세무서에 직접할 수 있으므로 원천징수이행의무자와 근로자가 선택할 사항입니다.

ㅇ회사가 수정신고를 하는 경우 회사는 해당년도 연말정산을 재정산하여 연말정산분 원천세 신고를 수정제출해야 할 것이며, 수정된 근로소득원천징수영수증도 제출해야 하며, 가산세는 다음과 같습니다.
- 원천징수납부불성실가산세 : 미납세액 × 3% + 미납세액 × 미납일수 × 3/10000 (미납세액의 10% 한도)
- 근로자 : 과소신고가산세
산출세액 × (과소신고과세표준 / 과세표준) × 10%(부당과소의 경우 40%)

ㅇ근로자가 수정신고를 하는 경우 주소지관할세무서로 수정신고서를 제출해야 할 것이며, 이 경우 과소신고가산세와 납부불성실가산세를 추가로 부담해야 할 것입니다.
- 과소신고가산세 : 산출세액 × (과소신고과세표준 / 과세표준) × 10% (부당과소의 경우 40%)
- 납부불성실가산세 : 미납세액 × 미납기간 × 3/10000