안세회계법인

우리연구원의 주요사업을 수행하면서 연구비의 일부를 대학에 위탁을 주는 경우가 있습니다. 그런데 동 위탁과제가 부가세 과세대상 사업이면서, 과제 종료후 정산 시 정산잔액에 대하여 해당 대학이 우리연구원으로 잔액을 반납하여야할 때 동 금액에 대하여 "-"세금계산서를 발행 받아야 하는지요?
(연구비 부적정 사용으로인한 불인정액 반납이 아니라 정상적으로 사용후의 잔액에 대한
것입니다.)
* 불인정액을 반납할 경우에는 정상적으로 매출발생(비용집행)이 이루어진 것이므로 "-"세금계산서 발행대상은 아닐 것입니다.
(불인정액은 통상 연구책임자 개인이 부담함)

(예시) 에기연에서 A대학으로 부가세과세상 위탁연구비 11,000,000원(부가세 포함)을
지급 시 A대학의 분개처리
- 연구비 수령시 : 현금 11,000,000 / 매출or선수금 10,000,000
/ 부가세예수금 1,000,000 (국가에 납부)
- 연구비 집행시 : 연구비 9,500,000 / 현금 9,500,000
- 잔액 500,000을 에기연으로 반납할때 : 매출or선수금 500,000 / 현금 550,000
부가세예수금 50,000 /
* 마이너스 수정세금계산서를 발행하여 줌(-550,000)

위와 같이 분개처리하는것이 맞는지와 잔액 반납액에 대하여 A대학이 "-"세금계산서를
발행 하는것이 맞는지 문의드립니다