답변
연구전담요원의 인건비만 세액공제 대상이며, 겸직하고 있는 연구원의 인건비는 다음의 대법원 판례에 따라 제외된다고 판단됩니다.
♠ 대법2011두6844, 2011.06.24.)
다) 이 사건 연구원의 인건비가 세액공제 대상인지 여부
(1) 이 사건 과세특례규정의 적용대상인 인건비
구 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항, 제6조 제2항은 이 사건 과세특례규정이 적용되는 "전담부서에 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자’라 함은 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자를 말한다고 규정하고 있고, 여기에서 전담부서는 앞에서 본 바와 같이 구 기술개발촉진법령상 기업부설연구소로서의 요건을 갖춘 것을 말한다고 할 것이며, 구 기술개발촉진법 제2조 제1호는 "기술개발"이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하고, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다고 규정하고 있는바, 구 조세특례 제한법 시행규칙의 관계 규정에서의 ‘연구업무’란 순수한 학술적 연구활동 뿐만 아니라 산업기술의 연구 및 그 성과를 기업생산활동에 적용하는 방법을 찾아내는 것을 포함한 다고 봄이 상당하다 할 것이나, 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로 (대법원 2010. 5. 27. 선고 2010두1507 판결 등 참조), 이 사건 과세특례규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점, 이 사건 과세특례규정의 취지는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 당해 과세연도의 법인세에서 공제하도록 한 것인 점(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 이에 따라 이 사건 과세특례규정은 앞에서 본 바와 같이 전담부서에 근무하는 직원으로서 연구업무에 종사하는 연구요원 등의 인건비에 대하여만 세액공제를 인정하고 있는 점, 전담부서의 지원인력의 경우에도 연구업무에 종사하는 연구요원의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 그 인건비에 대한 세액공제를 인정하고 있는 점 등을 종합 해보면, 전담부서에 근무하는 연구원이라도 기술개발을 위한 연구업무를 전담하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용되고, 전담부서에 근무하는 지원인력이라도 연구업무 전담연구원의 연구업무만을 직접적으로 지원하는 경우에 한하여 그 인건비에 대하여 이 사건 과세특례규정이 적용된다고 해석하여야 할 것이며, 나아가 연구업무 외의 다른 업무는 연구업무 전담연구원의 연구업무 수행과 직접적인 관련성을 갖는다는 사정이 인정되지 않는 한 연구업무에 포함되는 것으로 해석 할 수 없다고 할 것이고, 한편, 과세대상인 인건비가 비과세 혹은 면세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있다고 할 것이다(대법원 1996. 4. 26. 선고 94누12708 판결 등 참조).
