안세회계법인

당사는 모회사인 R공단이 100% 출자한 주식회사로서 모회사인 R공단과 소유시설물의 관리 및 운영에 관한 위수탁 협약을 체결하여 위수탁 협약비(일반관리비, 이윤 포함)를 수령하고 있습니다.
모회사인 R공단은 A사업본부, B사업본부, C사업본부로 구성되어 있지만 서로 업종의 특성은 다른 사업본부입니다.
2014년 모회사인 R공단과의 위수탁 협약을 체결시 A사업본부와 B사업본부는 작년과 마찬가지로 일반관리비 비율을 15%로 수령하고 C사업본부는 다른 사업본부보다 1% 적은 14%의 일반관리비 비율을 받아오는 위수탁 협약 계약 체결을 할려고 합니다.
C사업본부에서 일반관리비를 다른 사업부보다 1% 적게 수령하려는 이유는 C사업본부의 금년 경영환경이 A와 B 사업본부에 비해서 많이 어려울것으로 예상되고 있어서입니다.
이런 경우 2014년 모회사인 R공단과의 위수탁 협약 체결시 C사업본부의 일반관리비를
A와 B 사업본부보다 1% 낮은 일반관리비를 수령하는 계약을 체결시 발생될 수
있는 세무상 문제점은 없는지 답변 부탁드립니다.

나의답변) 모회사인 R공단의 A사업본부, B사업본부의 일반관리비 지급율은 15%, C사업본부의 일반관리비 지급율이 14%일 경우 이는 경제적인 합리성을 결한 비정상적인 거래행위로서 특수관계자에 대한 채권포기로 간주되어 세법상의 부당행위 계산 부인 적용을 받을 가능성이 높아 국세청 세무조사시 A사업본부와 B사업본부의 일반관리비 지급율 차이인 1%에 대한 매출부가세 및 법인세, 그리고 이와관련된 가산세가 당사로 부과될 가능성이 높음