수고하십니다.
당사는 같은 관할세무서내에 지사를 설치하고 사업자등록을 완료 후 운영하고 있습니다. 본사에서 재공품을 받아 지사에서 완제품을 제작하는 경우도 있고 외주에서 자재를 직접 구매하여 본사 공정없이 지사 자체적으로 완제품을 제작하는 경우도 있습니다.
지사 자체적으로 완제품을 제작하는 매출과 지사에서 직접 구매하는 자재에 대해서는 확연히 구분이 되어서 세금계산서 발행 또는 수급에 큰 문제가 없습니다. 그런데 본사에서 재공품을 제작받아 지사에서 완제품을 제작하는 재공품에 대한 부분에 대하여 세금계산서 발행여부와 부자재 매입시 본사와 지사의 자재를 본사에서 총괄로 구매하여 지사에 공급하여주는 경우 세금계산서 매입처를 본사로 일괄로 발행만 하고 자재공급에 대해 세금계산서 없이 공급하여 주고 있습니다. 이 경우 부가가치세법상 문제의 소지가 있는지 여부와 부가가치세법상 불이익은 어떤 부분이 있는지 알려 주시면 감사하겠습니다.
답변
지사를 설치하고 사업자등록한 경우 본사로부터 자재 등을 공급받을 때에 사업자단위과세사업자나 총괄납부사업자에 해당하지 않는다면 본사에서 지사로 재화를 반출하는 경우에는 본사는 지사에게 매출 세금계산서를 발급하여야 하는 것이며(부가가치세법 제10조 제3항), 세금계산서를 발행하지 않는다면 부가가치세법 제60조 제2항 제2호에 의거 세금계산서미발행가산세(공급가액의 2%)가 부과되는 것입니다.
